尽管应夔丞始终狡辩，但由于从其家中所获函电文件明确证明其策划杀宋，且又搜出五响手枪一把，其中尚存子弹两枚，与武士英在火车站放去三枚后尚存两枚这一事实吻合，所留两枚枪弹与火车站脚夫苏阿荣拾取之弹壳亦复相同，[88]因此，应夔丞为杀宋主犯并无疑义。4月17日晚，捕房荷枪押送应夔丞至上海南市，解犯单上案由为：应桂馨运动王阿发谋刺宋教仁君，应桂馨主使武士英行刺宋教仁君。[89]步兵六十一团团长陈其蔚在警厅协助下，将应夔丞解至江苏海运局该团营仓关押。然而，宋案被移交中方后，先是围绕是否组织特别法庭各方争执不休，接着又在案件刚刚确定由上海地方审检两厅进行审讯之时，发生了上海地方审判厅自厅长、庭长、推事、书记官长全体被江苏高等审判总厅下令撤换的风波。[90]
    5月30日，上海地方审判厅开庭公判宋案，由厅长张清樾主审。由于原告律师金泯澜、高朔提出抗告，坚持要求出票拘赵、程、洪等到庭后，与应夔丞并案公判；而被告律师杨景斌也提出抗告，以张清樾系江苏高等审判厅长委任，而非司法部得大总统命令委任，拒不承认。因此，对应夔丞公判未果。[91]6月11日，江苏高等审判厅以不合法理驳回原告抗告。[92]被告律师杨景斌则被高等审判厅以捣乱法庭，违背律师法规，决定予以惩戒。[93]直至7月初，上海地方审判厅才又确定于7月16日进行第二次公判。[94]
    然而，由于7月12日二次革命爆发，公判并未如期进行，应夔丞也得以乘乱在7月25日凌晨从上海模范监狱逃走。据《申报》报道：二十四晚十二时，模范监狱禁锢要犯应桂馨等，乘南北两军酣战之时，用铁斧、巨石撞开围墙，四面撞开四洞，每洞约高二尺，阔尺余，均从洞中一拥而出，一时人声鼎沸，共逃出男女各犯约有二百人，均在附近屋檐下敲去镣铐，先由数人拥护应桂馨为首，悉数逃逸，看守兵士见彼等亡命冲出，亦不阻拦。兵士等开枪轰击，并未伤及一人。[95]又有报道谓，应夔丞等贿通狱官吴确生并某商团会员，当时应等由狱门而出，各会员各穿便服在外接应。吴狱官知事不妙，然后使人将四面围墙击成四洞，佯为各监犯由洞逸出。事为江苏都督程德全获悉，认为应夔丞等是否由大门而出，抑或掘洞脱逃，其中大有关系，下令密查，以凭核办。[96]三周后《神州日报》刊登文字，进一步披露了应夔丞收买狱官逃走内幕：
    上海模范监狱内所禁人犯，乘前次制造局激战时，全数脱逃，宋案要犯应桂馨及冤杀周阮之姚荣泽等，同时远飏。惟此次应犯等脱逃，外间颇有微辞，然言人人殊，究未能得其真相。现得确实消息，应桂馨利用战时运动监狱中最有势力者，图谋免脱，言为运动二万元，由方姓经手，过付五千元，余款尚未交付。现应犯欲图赖一万五千元未付之款，又因先付之五千元分派不匀，内讧微露，其秘为程都督、应省长所闻，拟即派探密查澈究，一面通令各属严缉应、姚各逃犯，务获究办云。[97]
    应夔丞后来也承认，自己的确是乘二次革命战乱之机冒险从狱门逃走，其言道：
    至赣乱发生，宁省独立上海一隅，亦同时入乱党之手。□□困守囹圄，党人威胁利诱，无所不至当攻击制造局之际，城中秩序大乱，狱官狱卒既无违抗逆党之能力，狱外又加添乱兵围守。□□一身之生死，早置度外，惟思与其死于叛匪之手，不如死中求活，乃于八月二十一号（应为七月二十四号;引者）夜，在枪林弹雨之中，冒险幸出狱门。此实天佑人助，故得重睹天日。（□□代夔丞）[98]
    原告方面，宋教仁之妻宋方氏延请律师高朔，于8月14日呈诉上海地方检察厅，要求迅予行使职权，通令各省，一体悬赏协缉逃犯应夔丞。[99]上海地方检察厅随即呈请高等检察厅，并函知英法捕房及淞沪警察厅，一体帮同严缉，并承诺给予拿获应夔丞及报信助拿应夔丞者重赏。[100]根据日人所办《顺天时报》，应夔丞于8月中旬逃到了日本，住在箱根，[101]但不久又从日本逃回青岛藏匿起来。消息很快为江苏民政长应德闳查悉，除通令各县水陆警厅一体严密访拿外，并具呈参谋、陆军两部，请迅即转电胶督，设法查缉，务获解沪，归案讯办。[102]
    1913年10月10日，镇压了二次革命的袁世凯就任正式大总统。11月4日，袁世凯以国会内的国民党议员牵连二次革命为由，下令取消其议员资格，并发布通缉令。国民党重要人物纷纷流亡日本，袁世凯彻底掌控了局面。一直认为杀宋是中央意思的应夔丞，以为机会来了，于是立刻在11月初由青岛连发两电，要求政府为武士英与自己昭雪。第一电谓：叛党削平，宋实乱首，武士英杀贼受祸，功罪难平，请速颁命令，平反冤狱。[103]第二电谓：
    宋为主谋内乱之人，而竟死有余荣；武士英有为民除害之功，而竟冤沉海底彼孙、黄、岑、李、陈、柏、何、钮之徒，要不过实行宋策，而种种戏出实由宋所编制，设当时无武之一击，恐今日之域中，未必能成具体之民国矣兹夔丞栖身穷岛，骨肉分离，旧部星散，自念因奔走革命而已破其产，复因维持共和而几丧其身。伏求迅颁明令，公道平反，宣布宋教仁之主谋内乱及卖国罪案，使有罪者不得幸免，有功者不致沉冤，庶几是是非非，天下共晓。[104]