实际上，从2月4日洪述祖致应夔丞函我们就可以看出，洪述祖早就试图将赵秉钧、程经世排除在外，以便他和应夔丞进行某种密谋。当时洪、应正与赵秉钧、袁世凯谋划构陷孙黄宋之事，洪在该函中写道：望弟以后用lsquo;川密与兄，不必再用lsquo;应密，缘（经）程君之手，即多一人也，且智老处手续不甚机密。洪述祖别号观川居士，川密为其自用密电码，由此可以看出洪述祖早就居心叵测。
    这就是说，赵秉钧所说洪述祖借去应密电本而未缴还应当是实情。不过洪述祖借的理由;谓得应秘电，请假秘电本一用，很可能也是其编造，用以欺骗赵秉钧的。首先，应夔丞以应密致电洪述祖，与赵秉钧要求其以后有电直寄国务院赵不符。其次，应夔丞手中早已有川密电本，他要给洪发密电，何以不用川密，而用应密？他明知洪述祖手中并无应密电本，何以仍要违背赵秉钧的指示，用应密发电给洪？可见，洪对赵谓得应秘电，不过是谎言，目的是要将应密电本搞到手，以便进行接下来的诡谋。他借而不还，就是因为他要利用应密电本；而赵秉钧借而不取，则是因为他本来就是被动卷入构陷孙黄宋阴谋当中的，而且以他丰富的官场经验和警察工作阅历，不难判断出，这不过是洪、应借机骗钱的把戏，因此，洪述祖来借应密电本，他正好借机退出。只是他没有料到，洪、应二人接下来会利用应密电本，演出杀宋惨剧，从而使他陷入更大的嫌疑当中。
    但问题是，应夔丞也为洪述祖所骗，始终以为杀宋是中央的意思。应之所以信洪，与洪的特殊身份和过往的表现有关，超然百姓姚之鹤有段话讲得最有说服力。他说：
    盖洪犯之所以取信于应犯者，其资格则内务部秘书长也，其历来函电则均称奉有命令也，即此已足坚应犯之信心矣。而又况介绍赴京谒总统、叩总理，代为谋干一切，悉有事实为之证明。此洪犯之所以驱策应犯者在是，而应犯之所以甘为洪犯鹰犬者，信洪犯并信洪犯之确能直接政府也。[166]
    正因为应夔丞相信杀宋是中央的意思，因此他在向洪述祖发电汇报刺宋情况时，屡屡使用了乞转呈等字样。如3月14日电：梁山匪魁，顷又四处扰乱，危险实甚，已发紧急命令，设法剿捕，乞转呈候示。[167]3月21日凌晨电：廿四十分钟所发急令已达到，请先呈报。[168]3月21日上午电：匪魁已灭，我军一无伤亡，堪慰。望转呈。[169]这样一来，国民党人便认定袁、赵为幕后主使。
    对此，赵秉钧在宋教仁被刺后一再否认洪述祖曾经呈阅相关电报。当《新纪元报》记者问他：洪、应来往函电，君一无所知否？赵秉钧答道：
    余以菲才，总揽国务，绠短汲深，日苦不给，安有余力，问此闲事。假令果预其事，则洪、应电中必将鄙人意见拦入，何以应与洪电中有请转呈字样，而洪与应电中绝无一语涉及。如果呈阅，彼岂无言。此中消息，明眼人自能知之。余以暮年当此重负，如何能堪。脱非总统公谊私情，余早挂冠在野。余既求去不能，顾反冒死力争，天下宁有是理。且余所辖内务中不乏异才，余如果欲杀宋，何至烦及素不相识之应夔丞，为此疏略卑劣之暗杀事耶？诸君明达，定能辨别。余伤好友，即微牵涉及余，余亦将澈底穷追，以慰逝者在天之灵，况与余有密切之关系耶！[170]
    紧接着在致北京《民立报》记者函中，赵秉钧再次否认洪述祖曾经呈阅应夔丞来电，其言道：
    鄙人任国务总理又兼内务部总长，两处秘书不下十人，其余属官更不知凡几，人才之高下贤否，势不能烛察无遗。但使于行政上无违法实迹，用人之责任已尽；若必于个人行为逐件监督，不惟无此能力，亦实无此余闲。即如洪与应来往电文，洪既未经呈阅，安能逆亿所言何事，是否招摇，是否隐射，事前安能预知。况洪与应本系世交，函电往还亦非他人所能制止，此理甚明，固无辩论之价值也。[171]
    袁世凯也为赵秉钧辩护说：
    察核原电（指4月25日程德全、应德闳撮要宣布证据有电;引者），仅有该总理交应夔丞国务院应密电码一本，系属奉差人员恒有之事，且函嘱其有电直寄国务院，尤见事属因公，无可指摘。至洪述祖私用密电哄诱应夔丞，别有诡秘不法行为，实非长官所及料，虽疏于觉察，未能辞咎，惟对于此案之关系该总理，并无只字证据。如因洪述祖系内务部秘书，即谓由该长官主使，将属员杀人犯罪，皆可连坐长官，古今中外，无此法律。且原案未经法庭审判，遽先臆断某某为主犯，苟稍谙法律者，决不为此不根之言。[172]
    以上辩解是就洪、应往来所有密电是否曾向赵秉钧呈报统括而言的，赵秉钧一概予以否认，袁亦为赵辩护。但具体来看，2月22日前之应密电报，特别是关于对付欢迎国会团、操弄宪法起草和阴谋构陷孙黄宋的电报，要么由应夔丞直寄国务院，要么由洪述祖面呈袁世凯，袁、赵均已看到，确凿无疑。2月22日以后，由于应密电本已被洪述祖以欺骗手段从赵秉钧手中获得，且洪述祖极力防止应夔丞通电于赵，因此赵不可能知悉洪、应接下来利用应密策划杀宋之事。除非洪真的如应夔丞所请向赵转呈，但这是不可能之事，一则洪虽为赵之秘书，却非赵之私人，二人关系并不融洽，洪不可能将杀宋这样的机密事情透露于赵；二则赵属国民党籍，与宋关系甚为融洽，构陷孙黄宋之事赵尚因非其本意而中途退出，又岂肯变本加厉，将宋杀害？洪若向赵呈报，无异于泄密。