至道三年三月，太宗驾崩，因为宰相吕端的有力保护，太子登基称帝，是为真宗皇帝。与此同时，反对太子派一班人马顷刻遭到清算，而这些人正是昔日处心积虑报复寇准的幕后势力。
    新天子入主大位后，当然会想到昔日寇准在确立自己太子之位上的贡献，于是即位不久便升迁其官衔，由给事中提拔为工部侍郎。不过，这只是官阶头衔的提升，其实际的职务差遣却未变动。
    话说回来，在真宗心目中，本朝魏徵寇准的忠诚和才干都不成问题，还对自己曾经有恩，应该重用。但此时朝中的形势和人际关系却相当微妙，唯一的丞相吕端对自己登基立下汗马功劳，自当感激不尽，眼下还要倚重其稳定局面，因此必须考虑他的感受。遗憾的是，吕相公虽与寇准的私人关系尚可，两人却性格迥异，一个老成内向，另一个则锋芒毕露；另外两人年龄相差悬殊，前者已年过六旬，后者还不到四十岁，彼此做朋友恐怕没有问题，但若要合作起来不免存在抵牾。而其他多位执政大臣，包括寇准的同年李沆和向敏中，往日也领教过寇参政的专断，未必热衷欢迎他回朝。如此这般，只能先优待这位爱卿，重用的事仍需留待时日再说。
    咸平三年（1000）初，因辽军南下，天子亲赴河北大名坐镇指挥，其间曾召见寇准于行营。此次会面，想必君臣间又有了进一步的了解，寇准的坦诚果决也给年轻的君王留下了更深的印象。
    两年之后，寇准终于结束外任生活，被召回京师出任权知开封府，也就是代理首都开封的长官。经过几年的地方磨炼，寇知府算是想通了几许门道，言行举止稍微收敛了一些，如上朝时主动要求排序在官阶低于自己的三司使陈恕名下之类。这自然引起天子的好感，觉得能识大体，于是不久便提拔他接替三司使之职，以负责全国的财经要务。
    当此之时，辽朝铁骑频频南犯，北部边防形势日益严峻，致使真宗皇帝忧心忡忡，宵衣旰食。环顾左右，老臣吕端已亡故多时，先后接任相位的李沆、吕蒙正和向敏中三位，虽都属君子一类大臣，颇得众望，处理朝廷日常政务也得心应手，但却皆非谋勇兼备之人，应对边防大政时，往往束手无策。显然，这属于太平宰相班子，难以担当战时内阁的重任。因而，天子还是相中了寇准，打算起用他辅政。为此，先罢免了向敏中的相位，随后又接受老臣吕蒙正的辞呈，在中书仅保留李沆一位宰相，以便为寇准踏入庙堂铺垫道路。
    不曾想，景德元年（1004）七月，唯一的宰相李沆突然病逝，中书一时无人支撑，而原来用李沆与寇准配合的设想也被打乱。在国难当头之际，天子考虑到非起用有胆有识者不能替自己分忧，遂决定将寇准从三司使直接升任宰相。为了避免臣僚们的非议，真宗便先将自己藩邸旧臣出身的翰林侍读学士、兵部侍郎毕士安迁为参知政事，时隔一个月，就同时任命毕士安与寇准为宰相。
    据说，天子事先曾就使用寇准的想法征求过毕士安的意见，这位老部属对陛下说：寇准天资忠义，能断大事，为臣我不如他。真宗反问道：听说寇准性格刚强，又好使性子，这怎么办？毕士安答道：寇准忘身徇国，故不为流俗所喜。当今北有强敌，跳梁未服，正是使用寇准之时。听罢如此肯定意见，天子方才打消了所有顾虑，下决心重用寇爱卿。
    这一年，寇准刚43岁，终于入主中书，成为本朝操持国政的新一代宰臣。当命运将他推向政治舞台最前列之际，国运亦将随之而起舞。
    力主亲征
    景德元年是宋朝历史上的多事之秋，更是风云激荡而具重大影响的一年。
    就在同年八月寇准拜相之时，河北前线已不断传来辽军频繁调动的情报，根据以往的经验分析，辽朝必有大举南侵的意图。
    到闰九月间，辽朝萧太后偕辽圣宗一同率铁骑南下，兵力超过二十万，可谓倾全国之力。与以往不同的是，辽军此次行动采取快速推进的战术，凡遇到坚守城池，便绕道而行。显而易见，其志在夺取中原，而非掠夺子女玉帛，实乃前所未有之举。
    战报传至京师开封，朝堂上顿时一片哗然，多位朝臣请求天子南渡避祸。眼见众多臣僚慌乱不堪，真宗皇帝一时也六神无主，信心随之动摇。
    真正是天下皆醉我独醒。对于某些臣僚发起的避祸议论，寇准深不以为然，因为他秉性从来不服输，并且早已深思熟虑过对策。
    在寇准看来，昔日历史上无数先例已验证了这样一个铁的事实：在出现北方强敌威胁的形势下，如果皇帝带头南逃，必然造成军心涣散、防线崩溃乃至于丧失北方的后果，最终君臣只能偏安江左。以本朝幅员之辽阔，人口之众多，财力之雄厚以及军队之庞大，虽不至于北伐灭亡辽朝，但进行一场全国性的持久抗战，尚不成问题。五代后晋末年，辽朝国主耶律德光曾兵洗开封，似乎已控制了中原，最终却在内地军民的反抗下被迫撤退。有鉴于此，寇丞相决心说服天子亲征，以鼓舞前方将士的斗志，将来犯者驱逐出境。
    于是，当天子向寇准征求南迁意见时，他明知参知政事王钦若和签书枢密院事陈尧叟两位大臣，一个是江南人，一个是四川人，所以提议避难金陵或成都，却佯装不知。他故意大声回答道：谁为陛下出此下策？其罪可杀！今陛下神武，文武齐心，如若御驾亲征，敌军自当逃遁。纵然不能马上败敌，也可出奇兵以乱对方阵势，坚工事以老其师，彼劳我逸，最终我必胜算。怎么能弃太庙、社稷不顾而去南边远方，到那时人心崩溃，敌兵乘势追击，天下还能再保吗？听了寇准这样透彻犀利的分析，又受到他大义豪气的感染，真宗终于被打动了，遂下决心亲征。