吕端进入中书后，依旧照章办事，对地位高于自己的两位宰相李昉和吕蒙正不卑不亢，对同僚和下属宽厚相待。据说，经多见广的元老重臣赵普观察了他的行事风格后，说出了这样的评语：我观吕公上朝奏事，得到嘉奖未尝就喜，遇到抑压也未尝便惧，言行得当，不形于色，真乃台辅之器也！的确，他的恬然大度出自内心，外圆而实则内方，自然得到有识者的叹服。当日的一件事，便颇能说明赵普所言不虚：
    淳化五年（994）九月，寇准从枢密院副长官转任参知政事，吕端虽然先入中书，却主动要求排在其下。这得说明，寇准的本官为左谏议大夫，吕端则为右谏议大夫，位序倒是先左后右。不过，自古官场上都极为看重排名先后，计较争执并不少见。看到吕端如此谦让，太宗倒替他着想，当即将其官阶也改为左谏议大夫，以排在寇准之前。
    君臣接触久了，太宗皇帝发自内心地欣赏吕参政，时常单独召见议事，一谈便是许久。吕端渐渐在天子心中占据了独特的位置。
    太宗晚年，对皇储的问题视为头等大事，皇位要顺利平稳交接，必须有可靠的人来主持朝政，以保驾护航。此人须头脑清醒，能断大事，以坚定贯彻自己的意志和选择。此时，宰相只有吕蒙正一人，以往重用过的故相赵普已亡，另外不久前还用过的两位宰相李昉和张齐贤，一个已是七旬多的平庸老臣，一个属性情粗放的汉子，两人显然都不符合要求。唯有一手提拔的状元吕蒙正还算满意，但所谓知子莫若父，知臣莫若君，吕丞相学养深厚、儒雅洒脱，为人却不够果决，危急时刻恐怕难当大任。因此，还得再起用一位宰相，这个人选当以吕端最为合适。
    至道元年（995）四月间，太宗向吕丞相征求任用吕端入相的意见，吕蒙正认为：吕端为人糊涂。这大概是朝臣们的普遍看法。但太宗却说：吕端小事糊涂，大事不糊涂。太宗皇帝从来独断专行，一旦做出决定，便不受外人影响，况且吕蒙正独居相位发此非议，反而引起了天子的疑心：是否意欲独揽大权？于是，在随后某天的后苑宴会上，太宗作《钓鱼诗》一首示意吕参政，其中有欲饵金钩深未达，磻溪须问钓鱼人之句，暗喻自己是求贤的周文王，而吕端则是垂钓溪边的姜子牙。几天之后，天子的任免诏书下达，吕端升任宰相，而吕蒙正则罢相出局。
    吕端独任宰相后，保持一贯风格，即老成持重，为政清简。翌年，西北重镇灵州（今宁夏吴忠）遭到党项人的围攻，形势极为紧张。天子便召宰相吕端与知枢密院事赵镕商议对策，命令分别提出解决方案，吕端却请求共同提出对策。于是，有文臣上奏指责他缄口不言，是企图逃避责任。对此，太宗置之不理。同僚们上奏多有争议，唯有他不轻易表态。一天，太宗下达手谕：今后中书讨论的政事必须经过吕丞相审定，才能上奏。由此足以反映天子对吕端的器重。据记载，太宗皇帝对吕端眷顾至深，犹恨起用太晚。
    当日中书之内，宰相之下有两三位参知政事，其中寇准最为天子看重，称之为本朝魏徵。要说吕相公与寇参政相较，前者深沉寡言，后者性格外向，直言敢谏，但两人志趣相近，关系甚好，昔日寇参政还极力推荐过吕端。因此，吕端拜相后，担忧老友内心不平，就请求皇帝恩准修订规则，从此中书大印由宰相与参知政事轮流掌管。
    光阴就这样逐渐流逝，太宗皇帝的身体一日不如一日，其生命就要走向尽头。夕阳之下，想必太宗时常掂量自己不顾非议选中吕端是否妥当。其实，帝王从来最是无情，暮年天子之所以对吕端信赖有加、寄予厚望，并不按旧制再任命一名宰相，无非是希望他能辅助新近册立的太子顺利继位。上苍佑宋，以后发生的一切，证明了这一选择没有失误。
    四
    至道三年（997）三月间，天子终于一病不起，朝堂风云顿时出现微妙变化，几股力量开始暗中较劲。
    在此要对太子的背景略作交代。当第二位皇储暴毙一年多后，太宗痛定思痛，又将第三子元侃晋封为寿王，寓意健康长寿，同时依例授予开封府尹之职，也就是定为皇位继承人。到至道元年八月，眼看自己病体难愈，太宗遂正式宣布寿王元侃为皇太子，改名为恒，同样代表长久之意。
    要说太子乃当今天子钦定，并诏告天下，又有一年半时间的亮相，原本不存在异议。然而，古代宫闱政治素来变幻莫测，化腐朽为神奇的事时常发生。据史书称，宫廷宦官首领王继恩深忌太子英明，忧虑未来自己权势受到限制，眼见天子来日无多，便暗中与参知政事李昌龄及草拟诏书的知制诰胡旦等朝臣密谋，还说服了李皇后，准备拥立已康复的前楚王元佐继承皇位。这位李皇后因不能生育，自己并无子嗣，却同情被废黜的楚王，就此在皇宫内外形成一股不可小觑的势力。
    平时看起来随和谦让、很少表态的吕端，此时却扔掉了糊涂的面具，一方面眼观六路耳听八方，另一方面坐镇中书稳定人心。他除了督促臣僚各负其责外，每天都亲自陪太子入宫探问天子的起居情况。太宗病危之际，吕端闻讯立即入宫探视，发现太子竟没在宫中，便马上在随手携带的笏板上写下大渐（即病危）两个字，派亲信随从持笏板火速召太子进宫。不久，太宗就驾崩于万岁殿中，时年五十九岁。